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    Utiliser Tropes avec Gephi

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    Pierre
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    Utiliser Tropes avec Gephi

    Message  Pierre le Ven 22 Nov - 17:48

    Vous pouvez utiliser les exports Gephi depuis Tropes V8.4 :
    http://tropes.forumactif.fr/t69-tropes-v84-avec-export-gephi-gexf

    Pour mémoire, j'avais écrit ceci :
    Pierre a écrit:Voici une méthode pour réaliser votre première visualisation :

    1. Ouvrez un fichier GEXF (DynamicRelations, DynamicOntology ou DynamicMatrix) avec Gephi.
    2. Fermez la fenêtre "Accueil - Bienvenue dans Gephi". Ne vous souciez pas de l'affichage en cours... Cliquez sur l'onglet [Vue d'ensemble] (en haut de l'écran).
    3. Cliquez sur [Choisir une spatialisation], puis choisissez [Force Atlas] (cadre en bas à gauche).
    4. Mettez une valeur de 4000 (au minimum) dans le paramètre [Force de répulsion].
    5. Appuyez sur le bouton [Exécuter] puis patientez une minute, avant d'appuyer sur [Arrêter].  
    6. Cliquez sur l'onglet [Prévisualisation] (en haut de l'écran).
    7. Cochez la case [Afficher les labels] (dans le cadre de gauche).
    8. Appuyez sur le bouton [Rafraîchir] (en bas).

    Et voilà, vous avez réalisé votre premier graphe Gephi.
    https://gephi.org/users/quick-start/
    Ce n'est évidemment pas suffisant. Donc je vous propose de développer l'utilisation des extensions GEXF de Tropes dans cette file du forum.

    Pierre
    Admin

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    Complément d'information technique sur l'utilisation de Gephi avec Tropes

    Message  Pierre le Ven 22 Nov - 17:56

    Complément d'information technique sur l'utilisation de Gephi avec Tropes.

    L'essentiel de la documentation Gephi est en langue anglaise.

    Vous disposez d'une introduction et de tutoriel Gephi en Anglais ici :
    https://gephi.org/users
    http://fr.slideshare.net/gephi/gephi-quick-start

    Vous trouverez des informations en Français ici :
    http://stratidev.com/cartographier-vos-informations-avec-gephi/
    http://www.martingrandjean.ch/analyser-graphiquement-reseau-facebook/

    Ces deux pages web françaises traitent d'autres sujets et ne sont pas intégralement utiles pour exploiter les résultats de Tropes.

    Pour vous aider, je vais donc commencer une synthèse de certaines parties utiles de la doc Gephi, pour ceux qui ont un peu de mal avec l'Anglais, en y ajoutant des commentaires techniques sur les spécificités de Tropes.

    Gephi est un logiciel écrit en Java, il peut fonctionner sous Windows, Linux ou MacOs. Vous pouvez facilement générer des fichiers GEXF avec Tropes sur un ordinateur, et les traiter sur une autre machine. Il suffit d'installer Gephi sur un autre système et de recopier les fichiers GEXF de Tropes.

    Même s'il peut être installé sur des ordinateurs modestes, Gephi utilise beaucoup de puissance de calcul et nécessite une quantité conséquente de mémoire vive (RAM) pour fonctionner rapidement.

    Tropes effectue une compression automatique des structures GEXF pour vous permettre de lancer Gephi sans problème sur un ordinateur avec 4 Go de mémoire RAM. Toutefois si vous avez ouvert un client de messagerie, un navigateur internet avec dix onglets, un tableur avec plusieurs feuilles de calcul, etc. Il est possible que 4 Go de mémoire ne soient pas suffisants pour travailler correctement. Vous devrez donc fermer des applications, pour libérer de la mémoire et aller plus vite.

    La compression GEXF de Tropes est indispensable : Tropes peut ouvrir jusqu'à 10.000 fichiers avec un Scénario comprenant jusqu'à 65.000 groupes, en analysant des millions d’occurrences de mots. Le tout dans moins de 2 Go de mémoire RAM. Dans l'état actuel, Gephi ne peut pas traiter une telle quantité de données sur un ordinateur de prix raisonnable. A contrario et en restant pragmatique, on peut se demander s'il est utile d'envoyer à Gephi une trop grosse quantité de données. Je pense qu'un ensemble de concepts bien choisis sera plus parlant - et surtout plus lisible - qu'une masse gigantesque de noeuds et de liens (pour parler le langage Gephi).

    Gephi utilise OpenGL pour afficher les graphes. Vous avez donc besoin d'une carte graphique compatible OpenGL pour fonctionner. C'est le cas de pratiquement tous les ordinateurs récents. Si vous disposez d'une carte graphique puissante, Gephi affichera plus rapidement. Cependant tout n'est pas si simple : OpenGL est une norme professionnelle qui n'est réellement optimisée que pour des cartes AMD FirePro ou Nvidia Quadro. Paradoxalement, pour des raisons marketing, une carte graphique haut de gamme pour "gamer" ne donnera donc pas forcément de meilleures performances qu'une carte Pro d'entrée de gamme. Dans tous les cas, je pense que les cartes graphiques actuelles sont suffisantes pour utiliser Gephi avec Tropes, sauf si votre ordinateur date de Mathusalem, et qu'il est peu rationnel de dépenser une fortune pour une carte pro.

    Un processeur rapide avec quatre coeurs et beaucoup de mémoire RAM seront sans doute toujours plus efficace pour traiter les fichiers de Tropes avec Gephi. Sauf erreur de ma part, la puissance de la carte graphique passe en second plan. Ceci est vrai au moment où j'écris ce message, mais cela peut évoluer avec les futures évolutions de Gephi.

    A compléter...

    bgouve

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    TROPES, GEPHI et les analyses en réseau sociaux

    Message  bgouve le Mar 4 Fév - 11:32

    Bonjour à tous...
    Merci à Pierre pour les évolutions constantes concernant TROPES et, à mon sens, la plus marquante est ici la possibilité d'exporter les résultats de TROPES vers GEPHI. Cette évolution permet de combiner la puissance du moteur d'analyse sémantique de TROPES (et son/ses dictionnaires) avec les développements des méthodes de modélisation. Afin de mieux cerner et comrpendre ce que représente GEPHI et, ce faisant, détemriner comment interpréter les résultats obtenus, il faut cependant ce tourner, à mon sens sur la littérature concernant la modélisation en réseaux sociaux (l'expression "social network analysis" est celle qu'il faut chercher sur google pour obtenir les informations pertinentes).

    un lien pour vous guider dans vos analyse (c'est un article paru dans Science : http://www.ajaymehra.net/Documents/SNA_Review_for_Science.pdf)
    Il y a également : WASSERMAN, Stanley. Social network analysis: Methods and applications. Cambridge university press, 1994, volumineux mais conseillé par la plupart des analystes en réseaux sociaux.

    C'était le billet du jour
    A bientot
    Brice

    Pierre
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    Re: Utiliser Tropes avec Gephi

    Message  Pierre le Mer 11 Juin - 12:42


    Pierre
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    Exemple d'utilisation de Tropes avec Gephi

    Message  Pierre le Lun 16 Juin - 17:59

    Philippe Fleurance a publié sur son blog une Etude des parcours d’excellence sportive (PES), qui est intéressante parce qu'elle permet d’illustrer de façon simple les fonctions de Tropes pour Gephi :

    http://pfleurance.com/2013/10/08/etudes-des-parcours-dexcellence-sportive-pes-donnees-textuelles/

    Merci à lui pour cette première synthèse.

    Son blog se trouve ici http://pfleurance.com

    LeDoc

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    Re: Utiliser Tropes avec Gephi

    Message  LeDoc le Jeu 9 Avr - 10:25

    Bonjour,

    J'ai une petite question technique sur l'utilisation de Tropes et de Gephi.
    J'ai suivi la procédure indiquée dans votre tutoriel (qui est très bien fait !), toutefois, je constate systématiquement des différences entre le nombre de liens indiqués dans le volet Exports XML (GEXF) de Gephi et le nombre de liens trouvés par Gephi lorsque l'on ouvre le fichier TropesRelations exporté via Gephi. Est-ce normal ? A titre indicatif, je n'observe aucun décalage au niveau des nœuds identifiés et ceux qui sont détectés par Gephi.

    Par avance merci pour votre réponse.
    Michaël.

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    Re: Utiliser Tropes avec Gephi

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