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    Trucs et astuces pour utiliser Gephi et retrouver la puissance de Zoom à moindre frais

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    bgouve

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    Trucs et astuces pour utiliser Gephi et retrouver la puissance de Zoom à moindre frais

    Message  bgouve le Mar 25 Fév - 0:45

    Bonjour (ou plutot bonsoir)

    Tropes est un logiciel des plus puissant pour la conduite de lanalyse des données variées. Sa combinaison avec Zoom lui permettait de traiter des fichier différents et d'obtenir des résultat sous forme de feuille de données type tableur. Or, si notre logiciel favoris est désormais grauit, il ne dispose plus de la puissance de Zoom. Est ce à dire que nous devons nous contenter de traiter différents fichiers comme s'il ne s'agissait que d'un unique corpus volumineux? bien entendu non. Depuis que Pierre à implémenté lexport sous Gephi (logiciel d'analyse en réseaux sociaux), la puissance de TROPES a été démultipliée. Si une prise en mains de Gephi dépasse le cadre de ce post, quelques précisions ne sont cependant pas du luxe...
    Gephi permet de dépasser la seule prise en compte de l'importance d'un RN (ou thème, créer via l'outil scénario de TROPES) par la prise en compte des coocurences entre RN (ou thèmes). Dès lors, l'analyse de la centralité d'un item (thème, RN, à vous de faire le choix du bon vocable) dans un corpus se mesure :
    via les mesures de degrés (nombre de coocurences entre cet item et les autres items).
    via le coefficient d'intermédiarité (betweenness dans GEPHI : statisitques > plus court chemin, Exécuter
    via le coefficient de proximité (closeness, meme démarche que ci dessus.

    Egalement, et c'est un point particulièrement intéressant dans la combinaison TROPES + GEPHI, il est possible de faire ressortir des univers sémantiques via l'analyse en modularité (dans GEPHI : Statistiques > modularité, executer). Dans ce cas, GEPHI analyse et repère, ce que nous pouvons appeler des univers sémantiques par l'analyse des multiples cooccurences entre items. Des groupes d'items fortement cooccurents entre eux mais faiblement cooccurents avec d'autres items peuvent être considéré comme des modules relativement indépendant les uns des aurtes (c'est un raccourci, mais dans l'idée, c'est cela). Pour une visibilité optimal de vos différents module (Qui pourraient correspondre aux UCE d'alceste sans doute), je vous conseille de sélectionner, dans la fenêtre classement (en haut a gauche) et après avoir cliquez sur "noeuds"), -> modularity class (c'est dans une liste déroulante). Vous sélectionner couleur (la palette) et vous validez. Normalement, vos différents modules seront regroupé par affinité de couleur... et vous aurez un lisibilité optimale des regroupements des différents RN.

    Un autre atout de GEPHI (car c'était de cela que je venais parler en fait...) c'est de retrouver la puissance de Zoom donc... comment faire? en bidouillant (mais c'est un peu ma spécialité apparemment). Pour cela, je parts du principe que vous avez exporter dans gephi les résultats de tropes obtenus à partir de plusieurs fichiers / Dossiers (matrice document x concepts).
    1. Ouvrez votre fichiers TROPES ontology
    2. allez dans laboratoire de données
    3. Cliquez sur lien
    4. Exportez le tableau au format csv (en neguardant que source, destination et poids (Weight)
    5. Sous un tableur quelconque, restructurer au besoin votre fichier csv de manière q ce que les trois colonne soient bien nommées
    6. Passez sous R (environnement libre de traitement de données statistiques (http://cran.r-project.org/)
    7. installer le package (reshape2) -> install.package("reshape2")
    8. Charger le package -> library("reshape2")
    9. Charger votre fichier csv précédant

    MAintenant, voilà l'idée : Il va falloir que votre tableau de données composé de 2 colonnes spécifiant l'ensemble des relations entre vos documents et les RN (ou thèmes, ou items....) devienne une matrice dans laquelle pour chaque document (en ligne) sont associés en colonnes les termes de votre scénario (comme ce que l'on avait avant sous ZOOM). Il faut donc transposer votre tableau de données. Pour cela, rien de plus simple :

    tableau <- read.csv("le chemin_de_votre_fichier_exporter_de_gephi.csv")
    tableau$Weight<-as.numeric(tableau$Weight) #transformer poids (Weight) en variable numérique (au cas où)
    nouveau.tableau<-dcast(tableau,Source~Destination,fun.aggregate=sum,value.var='Weight') #création de la feuille de donnée avec document en ligne, items du scénario en colonne)
    ici, dcast est la fonction appelée, tableau est l'identité du tableau de départ, Source est le nom de la colonne source dans le fichier Gephi, Destination est le nom de la colonne destination dans le fichier GEPHI, fun.aggregate=sum mentionne que l'on veut que soient additionner les différents poids des items (sinon, cela converti seulement en 0 ou 1, présent ou absent), value.var="Weight" désigne la colonne mentionne le poids des relations)

    après, soit vous aimez R et vous continuez à travailler avec le fichier nouveau.tableau, soit vous exportez ce nouveau fichier au format csv pour travailler avec vos logiciels habituels : write.table(nouveau.tableau,"chemin de destination du fichier.csv")

    et voilà, la puissance de TROPES, le Moteur de zoom en 2 scripts !!!! Vive le logiciel libre

    Sur ce, bonne nuit (il est tard, vous me pardonnerez pour les fautes et erreurs grammaticales diverses)

    Brice

    Pierre
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    Re: Trucs et astuces pour utiliser Gephi et retrouver la puissance de Zoom à moindre frais

    Message  Pierre le Dim 9 Mar - 18:07

    Merci Brice,

    Les extensions GEXF pour Gephi permettent en effet d'étendre les fonctionnalités de Tropes pour analyser des collections de fichiers.

    Zoom n'existe plus parce que nous avons perdu la licence de certains de ses composants, qui avaient été achetés par Acetic. Par ailleurs ces mêmes composants fonctionnent très mal aujourd'hui. Sans parler du vieillissement de Zoom, qu'il fallait repenser entièrement.

    Je suis donc passé à autre chose et à un autre logiciel, OwlEdge, que je présenterai pour la première fois lors de deux séminaires de recherche, à Toulouse, à la fin de ce mois.

    Cordialement,
    Pierre

    bgouve

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    Re: Trucs et astuces pour utiliser Gephi et retrouver la puissance de Zoom à moindre frais

    Message  bgouve le Mar 11 Mar - 18:30

    Bonjour Pierre, j'avais bien suivi toute l'aventure de Zoom et des futures évolutions. Avec Gephi, je trouve mon compte, le tout étant de pouvoir bidouiller pour les exports, ce que j'essaye de documenter sur le forum. Le seul manque maintenant, c'est, à mon sens :
    1. de pouvoir fusionner plus simplement que par bidouille les scénarios (par exemple en pouvant ouvrir plusieurs fenetre scénario et faire des glisser déposer entre elles). Cela permettrait d'utiliser par exemple de certains items du scénario conceptFR et de les exporter ensuite
    2. Surtout de pouvoir "de base" utiliser les "mots outils" dans le scénario par glisser déposer des catégories de mots outils (modalisations de négation, d'affirmation...) dans le scénario. Tout cela est faisable soit via un éditeur texte, soit en glissant déposant directement les mots concerné de la fenetre texte de tropes vers le scénario...

    Sinon, avec Gephi et les bidouilles sus-mentionnées, le pouvoir de tropes est démultiplié... mais il faut se plonger dans Gephi pour pouvoir pleinement profiter de tout cela. Notamment, le fait de pouvoir jouer sur les niveau (laboratoires de données, level), permet de choisir quel niveau hiérarchique  du scénario n ous intéresse le plus. Quand l'export vers Gephi est effectué, tous les niveaux d'items du scénario sont présenté dans Gephi, ce qui peut parfois peut entraîner des erreurs ou des difficulté dans les traitements ultérieurs des données. En passant par laboratoire de données -> noeuds, cliquez sur l'intitulé de colonne level, cela classera par niveau hiérarchique les items du scénario. Après, il vous est possible de sélectionner les items par niveaux et par exemple d'exporter items réunis selon leur classe hiérarchique sur un nouvel espace de travail (clique droit -> copier vers un nouvel espace de travail)

    J'envisage, a terme, de faire un tutoriel sur tout cela (sous forme de post... ou pourquoi aps d'article... avis à la population Smile)

    Brice

    Pierre a écrit:Merci Brice,

    Les extensions GEXF pour Gephi permettent en effet d'étendre les fonctionnalités de Tropes pour analyser des collections de fichiers.

    Zoom n'existe plus parce que nous avons perdu la licence de certains de ses composants, qui avaient été achetés par Acetic. Par ailleurs ces mêmes composants fonctionnent très mal aujourd'hui. Sans parler du vieillissement de Zoom, qu'il fallait repenser entièrement.

    Je suis donc passé à autre chose et à un autre logiciel, OwlEdge, que je présenterai pour la première fois lors de deux séminaires de recherche, à Toulouse, à la fin de ce mois.

    Cordialement,
    Pierre

    Pierre
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    Utiliser Tropes avec Gephi

    Message  Pierre le Mar 18 Mar - 16:14

    Bonjour Brice,

    Les "grands esprits" se rencontrent.

    J'avais justement commencé à travailler sur un petit guide Tropes Gephi dont voici la première mouture:
    http://www.tropes.fr/UtiliserGephiavecTropesVF84.pdf

    Comme tu le constateras, il reste du travail pour faire un guide plus complet. Ton aide est bienvenue.

    Sinon, concernant OwlEdge quelques infos :
    http://sms.univ-tlse2.fr/accueil-sms/le-labex-sms/ateliers-methodologiques/analyses-textuelles/seminaire-sur-tropes-et-owledge-306196.kjsp?RH=ACCUEIL_SMS

    Cordialement,
    Pierre

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    Re: Trucs et astuces pour utiliser Gephi et retrouver la puissance de Zoom à moindre frais

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